Le calvinisme déclinant et les persécutions des protestants entre 1622 et 1685 à Mauguio
L'Édit de Nantes marque le début d'une période de transition pour la réforme protestante à Mauguio. En effet, il rétablit le culte catholique dès 1598 malgré la prédominance du calvinisme dans la ville. Cependant la participation de Mauguio aux guerres de Rohan de 1621 à 1622 marque le début d'une période de répression pour les protestants et l'affirmation du catholicisme avec la Contre-Réforme. C'est un mouvement par lequel l'Église catholique réagit et se réforme face au protestantisme entre le milieu du XVIe siècle et le XVIIe siècle. A Mauguio, elle s'applique plus particulièrement entre 1622 et 1685.
En 1620, le Roi Louis XIII prend les armes contre le Béarn, une province française au Nord-Ouest des Pyrénées, pour y faire appliquer les mesures de l'Édit de Nantes. Cette action est considérée comme une attaque par les protestants et engendre le début des guerres de Rohan. Elles commencent en Languedoc avant de se déplacer vers l'Ouest et la Rochelle, capitale des protestants en rébellion contre le Roi, dès 1625. Mauguio ne prend part qu'au premier conflit entre 1621 et 1622. Celui-ci oppose les armées catholiques du Roi et du gouverneur général du Languedoc, le Duc de Montmorency, aux armées protestantes dirigées par le Duc de Rohan. Ce dernier est un noble protestant en désaccord avec le pouvoir royal dès 1612, date à laquelle il s'oppose à Marie de Médicis, régente et mère de Louis XIII au sujet de l'élection d'un maire.
Les armées protestantes sont composées de peu de nobles. En effet, la noblesse proche du Roi s'est majoritairement convertie au catholicisme au début du XVIIe siècle. Ce premier conflit est essentiellement une guerre de siège sans affrontements directs. Par exemple, en 1621, des Melgoriens se battent au côté des protestants et participent à la sortie victorieuse des protestants de Montauban lors du siège de la ville par l'armée royale. En Août 1622, l'armée de Montmorency menace d'assiéger Mauguio. Le Duc de Rohan encourage donc les Melgoriens à se rendre et à négocier des conditions de redditions qui leurs seront favorables. Ils tentent donc de suivre ce conseil mais ne se rendent pas parce qu'ils jugent que les négociations leur sont trop défavorables. A l'arrivée de Louis XIII, Mauguio est assiégée et soumise par les armes. Une grande partie des murailles est détruite et la ville sert alors de campement pour le siège de Montpellier. Les protestants montpelliérains se rendent avant d'être attaqués par l'armée royale pour limiter les pertes humaines, jugées déjà trop nombreuses dans les deux camps. Le Duc de Rohan s'agenouille devant Louis XIII le 10 octobre 1622 et se repent de cette rébellion.
Les guerres de Rohan se terminent en 1629 avec l'Édit de Grâce d'Alès qui autorise certaines villes à maintenir le culte protestant. Mauguio, quant à elle, est soumise à un Édit plus restrictif signé en 1622 lors de sa reddition. En effet, il interdit le culte réformé et empêche les protestants d'exercer des fonctions politiques comme celle de consul.
Cette défaite a pour conséquences l'affirmation du catholicisme. L'évêque de Montpellier, Pierre de Fenouillet, décide donc de reprendre en main la ville et d'y imposer la Contre-Réforme Catholique avec le soutien du Roi. Le temple est réinvesti pour le culte catholique et, pour la première fois depuis 40 ans, les protestants ne peuvent pas pratiquer leur culte. Cependant, à la suite de négociations entre Pierre de Fenouillet et des nobles melgoriens protestants, une autorisation orale est obtenue et permet le rétablissement du culte entre 1636 et 1670. Après le décès de l'évêque en 1652, le siège épiscopal est vacant jusqu'en 1656. Pendant cette période, un consulat "mi-parti" réunissant catholiques et protestants est institué à Mauguio.
En France, il est possible de repérer deux périodes dans la répression des protestants de 1630 à 1685 :
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Dans un premier temps, ce sont des mesures répressives non violentes comme la fermeture des temples. Tout ce qui n'est pas clairement autorisé aux protestants leur est interdit. Une pression économique est exercée sur les réformés avec des impôts plus lourds. Cependant des compensations peuvent être attribuées pour ceux qui abjurent, c'est-à-dire qui renoncent à la foi protestante
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Dès 1661, Louis XIV s'attèle à instaurer une unité religieuse. Le peuple doit avoir la même religion que lui, c'est-à-dire le catholicisme. Des mesures violentes sont alors mises en place comme les dragonnades. Des soldats, appelés dragons, logent chez les protestants pour pousser ces derniers à renoncer à leur foi. Par à cette politique répressive, de nombreuses conversions ont lieu jusqu'à la révocation de l'Édit de Nantes par l'Édit de Fontainebleau.
En conséquence, il ne reste que 800 protestants à Mauguio en 1677. Cependant, lors de la révocation de l'Édit de Nantes par l'Édit de Fontainebleau en 1685, de nombreux protestants melgoriens préfèrent fuir et risquer l'emprisonnement que d'abjurer.
En conclusion, entre 1622 et 1685, le calvinisme n'est plus conquérant mais en déclin face au catholicisme. Malgré des conversions forcées au sein de la population, une partie des protestants melgoriens ont préféré fuir. L'ensemble des répressions et la révocation de l'édit de Nantes ont entraîné la désertification de Mauguio et par conséquent le déclin de la ville. Les deux religions n'ont pas pu cohabiter et le maintien du catholicisme s'est fait au prix de la destruction forcée de la communauté protestante.